小规模纳税人开票超过500万怎么办?

根据税法规定，小规模纳税人连续12个月或累计4个季度销售额超过500万元，必须登记为一般纳税人。

政策依据：

《关于统一增值税小规模纳税人标准的通知》、《增值税一般纳税人登记管理办法》规定，增值税小规模纳税人标准为年应征增值税销售额500万元及以下。年应税销售额是指纳税人在连续不超过12个月或四个季度的经营期内累计应征增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额。

因此，处理办法是：

小规模纳税人开票超过500万，应向主管税务机关申请一般纳税人登记，办理时间为年应税销售额超过规定标准的月份(或季度)的所属申报期结束后15日内。

不办理的后果：

如果公司不办理，税务机关会在规定时限结束后5日内制作《税务事项通知书》，告知纳税人应当在5日内向主管税务机关办理相关手续;逾期仍不办理的，次月起按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，直至纳税人办理相关手续为止。